Fakultas Kedokteran memiliki fasilitas laboratorium yang lengkap untuk mendukung kegiatan pendidikan, praktikum, penelitian, serta evaluasi kompetensi mahasiswa. Laboratorium-laboratorium ini dikelompokkan berdasarkan bidang keilmuan sebagai berikut:
Bagian Kedokteran
- Laboratorium Mikrokopis Kedokteran
- Laboratorium KKD Kedokteran
- Laboratorium Non Mikrokopis Kedokteran
- Laboratorium OSCE Kedokteran
- Laboratorium Riset Kedokteran
- Laboratorium Kepaniteraan Klinik
- Laboratorium CBT (Computer Based Test)
Bagian Farmasi
- Laboratorium Kimia Farmasi
- Laboratorium Teknologi Farmasi
- Laboratorium Farmakologi Farmasi
- Laboratorium Biologi Farmasi
- Laboratorium OSCE Farmasi
- Laboratorium Riset Farmasi
Bagian Keperawatan
- Laboratorium Keperawatan Gawat Darurat dan Kritis
- Laboratorium Keperawatan Medikal Bedah
- Laboratorium Keperawatan Jiwa
- Laboratorium KKD Keperawatan
- Laboratorium Keperawatan Maternitas
- Laboratorium Keperawatan Anak
Seluruh laboratorium dirancang untuk menciptakan lingkungan pembelajaran yang kondusif, aplikatif, dan sesuai standar pendidikan kesehatan, guna menunjang pencapaian kompetensi mahasiswa di bidang kedokteran, farmasi, dan keperawatan.